原因は、SyntaxHighlighter の設定にて、bloggerMode を true にしていたことでした。
ARKの技術メモ: [SyntaxHighlighter]blogger mode だと<br/>タグが表示できない件
http://arkmemo.blogspot.jp/2012/09/syntaxhighlighterblogger-mode.html
SyntaxHighlighter.config.bloggerMode = true; の部分を削除したところ、エスケープした<br />は HTML のタグとは解釈されず、そのまま<br /> として表示されるようになりました。
解決前
escapeHTML(data.feed.entry[i].title.$t) + "</a>ラベル:" + labels + "解決後
escapeHTML(data.feed.entry[i].title.$t) + "</a><br />ラベル:" + labels + "<br /><br /></li>");
これでこのサイトへの適用を一時停止していた SyntaxHighlighter を、再度適用できるようになりました。
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